O Museu de Paleontologia de Marília surgiu da necessidade de expor para a comunidade de Marília e região, fósseis de dinossauros e crocodilos que vinham sendo coletados desde 1993 pelo paleontólogo William Nava, em campanhas de campo pela região. Desde o início essas descobertas chamaram a atenção tanto do público quanto de universidades, e assim, em 25 de novembro de 2004 a Prefeitura , por meio da Secretaria Municipal de Cultura e Turismo inaugurou o Museu de Paleontologia de Marília, tendo como coordenador o paleontólogo William Nava.
Entre os objetivos do museu estão a pesquisa, coleta e preparação de fósseis extraídos de rochas sedimentares em sítios paleontológicos da região e de outras áreas do interior paulista, exposição do acervo desses fósseis, sua proteção e guarda, divulgação junto à comunidade, escolas, universidades e público em geral, além do incentivo e incremento à novas descobertas. Muitos dos fósseis coletados tem sido apresentados à comunidade científica durante Simpósios e Congressos pelo Brasil, entre os quais: 2°SBPV - Rio de Janeiro 2000, XVIII CBP - Brasília 2003, IV SBPV - UNESP/ Rio Claro-SP 2004, II CLPV - Rio de Janeiro 2005, 7°SCB e 1°STB - Serra Negra-SP 2006, Buzios - RJ 2007, VI SBPV - USP Ribeirão Preto-SP e III CLPV -Neuquén (Argentina) 2008, 7°SBPV- Rio de Janeiro 2010, Boletim dos Anais da Academia Brasileira de Ciências- Rio de Janeiro 2011, nas Paleos 2012 realizadas na UFRJ - Rio de Janeiro e USP - Ribeirão Preto. Em 2013, no First Brazilian Dinosaur Symposium, em Ituiutaba-MG, e XXIII CBP de Gramado-RS divulgando o nome da cidade tanto no contexto científico quanto no turístico.
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